El ambiente marino de bahía Málaga se caracteriza por la existencia de apreciables y diferentes formas de vida dispersas por toda la bahía, conteniendo una alta biodiversidad y su productividad, siendo interesante destacar en esta gran diversidad la presencia en el periodo junio a noviembre de una población de ballenas jorobadas (Megaptera novaeangliae) indicando las aguas costeras, someras y cálidas del Parque Nacional que presentan condiciones requeridas por las madres con sus crías; y este hecho ubica al AP, como uno de los sitios de mayor concentración reproductiva de la especie en el Pacífico colombiano, donde pueden desarrollar actividades fundamentales en su ciclo de vida, como lo son el apareamiento, parto, lactancia, crianza, reposo y socialización.