El PNN Sanquianga posee una gran cantidad de ecosistemas de manglar, equivalentes al 53% de los manglares del departamento de Nariño y al 20% del Pacífico colombiano. Este ecosistema garantiza el sostenimiento de especies animales acuáticas presentes en sus recursos hidrobiológicos y pesqueros, que son el recurso primario para la seguridad alimentaria de las poblaciones humanas circundantes. Los manglares son excelentes amortiguadores de tsunamis e inundaciones, además, son sitios de refugio, alimentación y anidación de diversas especies de mamíferos, aves, reptiles y anfibios. El PNN Sanquianga posee abundantes esteros y deltas influidos por los ríos Sanquianga, Patía, La Tola, Aguacatal y Tapaje Viejo, también numerosas islas pobladas por diversos árboles típicos del manglar y del bosque húmedo tropical junto con aves residentes y migratorias, igualmente, posee una gran extensión de playas donde anidan tortugas marinas.