El Distrito Nacional de Manejo Integrado Yuruparí – Malpelo se ubica al oeste y suroeste de la Cuenca Pacífica Colombiana. El DNMI está ubicado frente a la costa central del Pacífico de Colombia, a 360 km desde Cabo Manglares y a 560 km desde el puerto de Buenaventura. Las profundidades oscilan entre los 4,100 m en la zona de la fractura de Panamá y 150 m en el bajo «Navegador», también llamado «Rica», el cual está localizado en el extremo oeste de la dorsal Yuruparí. Al este se encuentra el Santuario de Flora y Fauna (SFF) Malpelo, y al noreste sobre las aguas jurisdiccionales de Panamá, se encuentra el Área de Recursos Manejados Cordillera de Coiba. La totalidad del área es marina y no contiene ninguna porción emergida. No obstante, la isla Malpelo, único punto emergido de este sistema, se encuentra a 57 km al este. El DNMI cuenta actualmente con 12.370,95 ha tras su ampliación en el año 2022.