El área de Cinaruco está conformada por una matriz dominante de sabanas mal drenadas tropicales o sabanas inundables tropicales, junto con humedales y zonas lacustres tropicales, playas, médanos y/o dunas, bosques de galería y cuerpos de agua asociados a las cuencas de los ríos Cinaruco y Capanaparo.

La región se ubica en la provincia biogeográfica de la Orinoquia y dentro del distrito Orinoquía – Casanare – Llanura eólica heredada (Hernández-Camacho et al. 1992). Esta Área Protegida contribuye a la protección de hábitats que presentan altos valores de biodiversidad y áreas temporales de establecimiento de especies migratorias, así como a la conservación de condiciones favorables para el mantenimiento, reproducción y cría de especies de flora y fauna, incluidas algunas bajo cierto grado de amenaza en las categorías de la UICN.