El Parque se encuentra en medio de las zonas con mayor y menor precipitación del Macizo colombiano. Hacia el noroccidente limita con la zona de menor precipitación, en el nacimiento de los ríos Cauca y Patía, y hacia el suroriente, limita con la zona de mayor precipitación, en el piedemonte amazónico, incluyendo así ecosistemas desde páramo hasta bosques andinos en un gradiente altitudinal de 1100 a 4300 msnm.