El Santuario hace parte del cinturón de páramos y bosque andino conocido como corredor de conservación Guantiva – La Rusia – Iguaque (Morales et al., 2007), el cual está conformado por un ramal cordillerano que se encuentra semi aislado de la cordillera Oriental dispuesto en sentido suroccidente-nororiente. En general predomina un relieve escarpado y de valles encañonados que se hace más fuerte hacia la zona norte, donde se observan rocas antiguas (ígneas-acidas) formando filos rocosos, grandes escarpes y pendientes irregulares.